Seine musikalische Ausbildung erhielt Guggenmos in Augsburg und München. Von 1984 bis 2001 war er Kirchenmusiker in Wangen/Allgäu und (von 2001 bis 2004) Organist an der Münchner Frauenkirche. Seit 2004 ist er Organist am Dom in Sankt Gallen/Schweiz und unterrichtet Orgel an der dortigen Musikakademie. Darüber hinaus geht er einer umfangreichen internationalen Konzerttätigkeit als Organist nach.