Josef (III.) Habbel heiratete 1929 Helene Spieß (1905-1971). 1936 übernahm er die Leitung des Buchverlags. Er wurde nie ein Verleger im kaufmännischen Erfolgssinne, ein raffinierter Kalkulator oder kühler Berechner des Gewinns. Er war und blieb ein Philosoph, ein Denker, ein geistiger Entdecker; jedenfalls ein Mensch, der sich in der Welt des Geistes ebenso daheim wußte wie in der Welt des Glaubens geborgen. Er philosophierte sich durchs Leben hindurch und wurde von den Mitmenschen stets mit ehrerbietigem Respekt betrachtet, bisweilen belächelt, aber auch das mit Respekt (Ernst R. Hauschka, Dr. Josef Habbel zum 10. Todestag, in: Die Oberpfalz 73 (1985), S. 28).
Während des Dritten Reichs war dem Verlag, der dem Nationalsozialismus kritisch gegenüberstand, jegliche Neuproduktion untersagt. Nach dem Krieg gewann [er] erneut beachtliches Format. In der Zeitschrift Der Zwiebelturm charakterisierte Habbel, was den Antrieb für den Verleger ausmacht: So wohnt das Buch in mir. Es nimmt die Pfähle, die mein Leben umgrenzen, und setzt sie weiter hinaus, es beginnt ein Zwiegespräch mit mir und holt sich neue Glut aus dem Feuer, das es in mir entfacht, und aus meinem Widerstand die Kraft, noch beschwörender auf mich einzudringen (Claudia Reichmann, Die Verlegerfamilie Habbel, in: Regensburger Almanach 34 [2000], S. 117).
Nach dem Tod Josef (III.) Habbels 1974 ging der Druckereibetrieb als Erhardidruck in den Besitz des Bischöflichen Stuhls über. Habbels Sohn Konrad leitete noch zwei Jahre lang die Geschicke des Verlages, bis das Unternehmen 1975 vom Verlag Friedrich Pustet übernommen wurde. Das Archiv des Verlages wurde 1984 von der Familie an die Staatliche Bibliothek Regensburg verkauft und ist als einziges systematisch erschlossen.
Josef Habbel, Verlagsbuchhandlung mit Buchdruckerei und Buchbinderei, Gebrüder Habbel, Zeitungs- und Kalenderverlag mit Buchdruckerei, Regensburg, in: Die Industrie der Oberpfalz in Wort und Bild, hg. von der Handelskammer Regensburg, Regensburg 1914, S. 99-102.Ernst R. Hauschka, Dr. Josef Habbel zum 10. Todestag, in: Die Oberpfalz 73 (1985), S. 26-30.Josef Focht, Das Münchner Zitherspiel im 19. Jahrhundert, in: Volker D. Laturell (Hg.), "Die Zither is a Zauberin...". Zwei Jahrhunderte Zither in München (Volksmusik in München 18), München 1995, S. 8-30.Heinz Dollinger, Nachruf auf einen Freund. Zum Tod von Dr. Josef Habbel, in: Alt- und Jung-Metten 66 (1999/2000), S. 55-73.Claudia Reichmann, Die Verlegerfamilie Habbel. Ein Kapitel der Regensburger Verlags-Geschichte, in: Regensburger Almanach 34 (2000), S. 111-117.Thomas Emmerig, Regensburger Verlagsbuchhandlungen als Musikverlage (1850-1950) (Quellen und Abhandlungen zur Geschichte des Musikverlagswesens 3), Tutzing 2007, S. 229-234.