Josef (II.) Habbel heiratete 1902 Margaretha Händel (1881-1937). 1906 übertrug sein Vater ihm zusammen mit seinem Bruder Martin (1878-1937) den Zeitungsverlag. Im Jahre 1910 übernahm Josef (II.) auch den Buch- und Kunstverlag Josef Habbel als alleiniger Inhaber. Er errichtete in der Gutenbergstraße ein modernes neues Gebäude für Verlag und Druckerei. 1924 wurde er wie vorher bereits sein Vater zum Kommerzienrat ernannt. Auch unter seiner Leitung erschienen im Verlag neben vielfältiger katholischer Literatur etliche Musiktitel. Er verstarb 1936.
Josef Habbel, Verlagsbuchhandlung mit Buchdruckerei und Buchbinderei, Gebrüder Habbel, Zeitungs- und Kalenderverlag mit Buchdruckerei, Regensburg, in: Die Industrie der Oberpfalz in Wort und Bild, hg. von der Handelskammer Regensburg, Regensburg 1914, S. 99-102.Josef Focht, Das Münchner Zitherspiel im 19. Jahrhundert, in: Volker D. Laturell (Hg.), "Die Zither is a Zauberin...". Zwei Jahrhunderte Zither in München (Volksmusik in München 18), München 1995, S. 8-30.Heinz Dollinger, Nachruf auf einen Freund. Zum Tod von Dr. Josef Habbel, in: Alt- und Jung-Metten 66 (1999/2000), S. 55-73.Claudia Reichmann, Die Verlegerfamilie Habbel. Ein Kapitel der Regensburger Verlags-Geschichte, in: Regensburger Almanach 34 (2000), S. 111-117.Thomas Emmerig, Regensburger Verlagsbuchhandlungen als Musikverlage (1850-1950) (Quellen und Abhandlungen zur Geschichte des Musikverlagswesens 3), Tutzing 2007, S. 229-234.